Die Gründung des Hotel Kreuz geht auf Pfarrer Arnold Bovet zurück. Dieser wurde 1870 von der freien evangelischen Gemeinde in Bern angestellt und gründete das Blaue Kreuz wie auch die Arbeitersäle Bärenhöfli. Im Jahr 1894 wurde die heutige Liegenschaft an der Zeughausgasse gekauft, in der sich bereits ein Gasthof befand. Nun wurde auch das Restaurant Bärenhöfli an diesen Standort verlegt. Das Hotel wurde als christliches Haus geführt, Alkohol wurde aber immer ausgeschenkt. Pfarrer Bovet vertrat den Standpunkt, wer auswärts nächtigen müsse, solle sich am Abend in Ruhe ein Glas Wein gönnen können. Im Gegensatz zum Hotel wurde das Bärenhöfli von Beginn an alkoholfrei geführt. Der Gasthof wurde umgebaut und im Jahr 1895 unter dem Namen Gasthaus zum eidg. Kreuz wiedereröffnet. Das Hotel hiess danach für kurze Zeit Hospiz zum eidg. Kreuz, dann das Weisse Kreuz, bis es um 1938 zum heutigen Hotel Kreuz wurde.

1979 wurde die Liegenschaft Waaghausgasse 7 dazu gemietet und das Hotel um 25 Zimmer erweitert. 1991 erfolgte der Zusammenschluss der Trägerschaften Bärenhöfli und Hotel Kreuz. Mit der Eröffnung des Kongresszentrums wurde die Zukunft des Hotels gefestigt. 1998 konnte zusätzlich mietweise das Hotel Metropole auf der gegenüberliegenden Strassenseite übernommen werden.

Das Kreuz Bern wird immer wieder umgebaut und auf den neusten Stand gebracht. So wurden im Jahr 2008 die Fassade restauriert und die Zimmer im 5. Stock umgebaut. Im Jahr 2011 wurde das Restaurant Bärenhöfli totalsaniert und ist heute als trendiges Stadtrestaurant positioniert. Ebenfalls zu erwähnen ist die komplette Renovierung der Hotelzimmer und der Réception in den Jahren 2016-2017.

Das Kreuz Bern bietet heute 97 Hotelzimmer, 11 Bankett- und Kongressräume und das Stadtrestaurant Bärenhöfli.